После серьезной борьбы между «Хезби Ислами» Хекматияра и «Джамияти Ислами» Раббани, унесшей несколько тысяч жизней, было заключено обоюдное соглашение о прекращении огня в марте 1993 г. и было подписано мирное соглашение в мае 1993 г. где Хекматияр назначался премьер-министром. В конце 1993 г. Раббани со штабом в Кабуле и Хекматияр со штабом в Чарасиабе, в 25 км к югу, схлестнулись в битве за власть. Это вскоре привело (с января 1994 г.) к новой волне кровавой гражданской войны с Хекматияром, получающим военную поддержку от генерала Абдулы Рашида Дустума. Эта борьба унесла по меньшей мере еще 3000 жизней, подорвав и без того разрушенную экономику, и привела к перемещению более 1 млн. беженцев в лагеря Пакистана. Хекматияр был официально заменен на посту премьер-министра Арсалой Рахмани в ноябре 1994 г. и его заставили бежать из штаба в Чарасиабе в январе 1995 г. после поражения сил патанского Талибана (исламистски настроенные студенты), который нелегально при непрямой поддержке Пакистана и Соединенных Штатов пошел в наступление, чтобы разоружить все воюющие группы моджахедов, искоренить процветающую торговлю наркотиками и основать объединенное патриархальное исламское государство. Пользующийся общей симпатией Талибан был отброшен от Кабула в марте 1995 г. войсками правительства Раббани, но в сентябре 1995 г. Херат, второй по значению город страны, пал перед студенческой армией, которая нанесла по Кабулу ракетные удары. Режим Раббани получил поддержку Индии, России, Таджикистана и Ирана. Однако в сентябре 1996 г. Талибан под руководством Муллы Мухаммеда Омара, 32-летнего ветерана-моджахеда, потерявшего глаз в битве, захватил Джелалабад на востоке, а затем штурмовал Кабул, заставив Раббани и его войска бежать. Наджибулла, бывший лидер коммунистов, находящийся под протекцией ООН с 1992 г. был пойман, расстрелян, и его труп был выставлен на всеобщее обозрение. Временный совет из шести членов, состоящий из духовенства и возглавляемый Мухаммедом Раббани, был сформирован для управления страной, в которой действовал строгий исламский закон. Женщинам было запрещено работать и получать образование в возрасте старше 10 лет; ношение бороды было обязательным для мужчин; телевидение, нерелигиозная музыка, азартные игры и алкоголь были запрещены; общественные избиения и отсечения конечностей стали методами наказания.
В середине октября 1996 г. Талибан завоевал все, кроме 6 из 31 афганской провинции, контролируя 3/4 территории страны. На этой территории они разоружили местное население, установив более строгие порядки и стабилизировав обстановку. Территории, неподвластные Талибану, находились на севере и северо-востоке, контролируемые силами изгнанников Бурхануддина Раббани и Масуда, локализующихся в Пенджабской долине, и генерала Дустума, сформировавшего «Северный Альянс», под названием Объединенный исламский фронт за спасение Афганистана. В ноябре 1996 г. начались организованные ООН мирные переговоры между обеими сторонами в Исламабаде (Пакистан), но они мало помогли. Талибану сопутствовал военный успех до середины 1997 г. когда его размеры чрезмерно увеличились, в результате чего он и понес огромные потери у Мазари-Шарифа, большого города на северо-западе с населением 1,8 млн. человек. Затем Масуд нанес ему поражение в 20 км. от Кабула.
В мае 1997 г. генерал Дустум, празднующий свою победу в борьбе за власть, стал военным лидером с Бурхануддином Раббани в качестве председателя. Землетрясения в феврале и мае 1998 г. вызвали серьезные разрушения, погибло 10 000 человек и 0,5 млн. осталось без крова. Это побудило обе стороны по инициативе США согласиться в апреле 1998 г. прекратить огонь и вести мирные переговоры. Однако прекращения огня не произошло, и в августе 1998 г. захватив четыре города на севере, включая Мазари-Шариф, Талибан расширил свое влияние. В августе 1998 г. удары крейсерских ракет США наносятся по афганской базе Осамы бен Ладена, изгнанного из Саудовской Аравии, подозреваемого в бомбардировках американских посольств в Кении и Танзании. Это вызвало растущее беспокойство на Западе и в соседних государствах Центральной Азии о том, что Афганистан стал новым опасным дестабилизирующим центром распространения исламской фундаменталистской революции. После вывода советских войск более 30 000 афганцев погибли в продолжительной гражданской войне, 750 000 бежали в Кабул и близлежащие территории, лагери беженцев находились главным образом возле Джелалабада. В июне 1995 г. было заключено соглашение с Ираном о постепенной репатриации 0,9 из 1,6 млн. беженцев, все еще находящихся в Иране.
